『BLAME！』の弐瓶勉、最新作！！ノンストップスプラッターSF 7世紀ぶりに火星への有人飛行を成し遂げた人類。廃墟と化した入植地水も酸素もないはずのそこで、宇宙飛行士達は1人の女を発見する。 半年後、地球。大平洋大橋を疾走する、一騎の重二輪があった。その搭乗者、合成人間・庚 造一は東亜重工の命を受け、800年前に建設された人工島「9JO」に潜入する。そして、造一は火星よりもたらされたウィルスの跳梁と対決することに………。

対話不能の異性物ガウナに太陽系を滅ぼされた人類の一部は、巨大宇宙船シドニアによって逃げのびていた。ガウナとの連戦の果て、シドニアは防衛の要たる衞人部隊の大半を失ってしまう。 エースパイロットに成長した谷風長道は、強力な戦力を持つ「融合個体」白羽衣つむぎの捨て身の援護を得て、ガウナの拠点「小シュガフ船オカリナ」を撃破する。一方、独裁体制を確立した艦長は、レム恒星系における「大シュガフ船」との大戦争を決定！　長道は、友人・科戸瀬イザナとともに、純粋な心を持つ「つむぎ」との交流を深めていく。 エースパイロットに成長した谷風長道は、友人・科戸瀬イザナとともに、純粋な心を持つ「融合個体」白羽衣つむぎとの交流を深めていく。一方、「不死の船員会」のメンバーを抹殺して独裁体制を確保した艦長は、レム恒星系における「大シュガフ船」との大戦争を決定。ついに、イザナを含む偵察部隊が惑星ナインに向けて出撃する！

対話不能の異生物・ガウナに太陽系を破壊された人類の一部は、巨大なる播種船・シドニアで繁殖しながらレム恒星系を目指し、宇宙を旅する。 シドニアの最下層で育った少年・谷風長道（たにかぜ　ながて）は、衛人（モリト）操縦士訓練学校に入学。さまざまな少年兵たちとの関係に翻弄され、地上で初めて出会った少女・星白閑（ほしじろ　しずか）と急速に親密さを増してゆく。 艦長の推挙により、歴史的名機である一七式衛人・継衛（ツグモリ）に搭乗し、ガウナと戦う！ 小惑星と融合してシドニアに向かってきたガウナ、そして高知能型ガウナ紅天蛾との戦いは、ついに決着へ！　多くの犠牲を出した戦いだったが、とりわけ、シドニア防衛の要である衛人隊の大半を失ったことが大きな問題となる。このタイミングで、兵器開発の一線から撤退したはずの岐神開発が不気味な動きを見せ始める。防衛にもシドニア内部にも不安が残る中、鳴り響くガウナ襲来警報。英雄となった長道には、新兵器が与えられた！