《理学丛书：困知记》是批判心学、改造理学的重要著作，对於研究理学演变史具有重要价值。写此书的目的是继承儒家的传统，批判各种似是而非的理论。其中，主要批判佛教唯心论和王守仁的良知说，同时批判地改造程朱理学。在理气、道器、“理一分殊”、“格物致知”等问题上，提出了重要的唯物主义思想。在天理与人欲问题上，批判了“存天理，去人欲”的理论，提出了理欲统一的学说。对於明清之际唯物主义思潮的兴起起了重要作用。