《沉默》發表於一九六九年，是探討遠藤文學的最重要作品之一，評價極高，榮獲第二屆谷崎潤一郎獎，其中探討基督宗教在東方社會紮根時面臨的問題，包含東西方文化的差異等等。之所以取名為「沉默」，理由有二：(一)反抗歷史的沉默；(二)探索神的沉默。 故事發生在德川幕府時代禁教令下長崎附近的小村子，一個葡萄牙耶穌會的教士偷渡到日本傳教，並調查恩師因遭受「穴吊」而宣誓棄教一事，因為這事在當時歐洲人的眼中，不只是個人的挫折，同時也是整個歐洲信仰、思想的恥辱和失敗。在傳教與尋訪的過程中，信仰與反叛、聖潔與背德、強權與卑微、受難與恐懼、堅貞與隱忍、掙扎與超脫……所有的兩難情境都面臨了，逼迫著他對基督的信仰進行更深層且更現實的思索，最終，他彷彿也走過一趟恩師的心路歷程，擁有自己對信仰的詮釋與實踐。