在蘇聯秘密都市〈雅木斯庫11〉揭露了一項衝擊的事實，原來這個世界是受「時間災害（Time hazard）」影響而產生的扭曲世界。然而在那裡，還發生了一件對宗介來說更為重大的變故。在經歷無數波折後，終於重逢的小要身上出現了異變。朝宗介開槍的小要，為了將扭曲的世界恢復原狀，與原本是宿敵的雷納德一起離去了。宗介等〈米斯里魯〉倖存成員追逐兩人行蹤，意外發現從前的老巢美利達島竟諷刺地成為了最後決戰之地。在全面核子戰爭導致世界毀滅的倒數計時下，最後的任務開始！ＳＦ動作巨作終於進入最高潮！